Histoire 

En 2008, le S.H.I.E.L.D analyse la vidéo de l'enlèvement de Tony Stark à Gulmira grâce à une caméra sur un des véhicules dans la salle de guerre.  Nick Fury le directeur du S.H.I.E.L.D et l'agent Philipe Coulson discutent sur les 10 anneaux et se disent que les 10 anneaux ne sont pas des terroristes comme les autres et qu'ils ne savent même pas qui est derrière cette organisation.  Fury s'inquiète que Tony Stark trahisse les États-Unis sous la torture en donnant des secrets compromettants et qu'il construise le missile Jéricho pour les 10 anneaux. Fury envoie donc l'agent Coulson parler avec Obadiah Stane pour connaitre le caractère de Tony et si oui ou non il serait capable de livrer des informations. Stane répond que Tony n'est pas comme ça mais il doit tout de même préparer l'entreprise à la perte de son PDG. Après l'évasion de Tony le S.H.I.E.L.D se demande si Tony est de leur côté ou pas et s'il ne s'est pas fait laver le cerveau. Grâce au satellite, ils  découvrent que Tony a créé une armure, la Mark 1 qu'ils ont vu entrain de s'envoler. Fury envoi donc  l'agent Coulson prendre contact avec la secrétaire de Tony Stark pour parler de son récent enlèvement. L'agent Coulson arrivera à avoir un rendez-vous avec cette dernière. Après cela Coulson dit à Fury qu'il fait confiance à Pepper mais il  sait qu'elle est vraiment fidèle à Tony. Peu de temps après, le S.H.I.EL.D repère la Mark 2 grâce au satellite. Le S.H.I.E.L.D se demande si Tony est bien dans l'armure mais grâce à la photo de prise à Kunar par les satellites, Nick Fury devine que c'est bien Tony dedans. Tony repère le satellite et décide de le détruire. Avec cette technologie Fury dit que les 10 anneaux pourraient détruire Kaboul.

Coulson tente de prendre contact avec Tony directement, mais après lui avoir parlé, il se rend compte que Tony est pressé d'aller quelque part.  Nick Fury et l'agent Coulson se rendent à Gulmira non pas pour gérer les 10 anneaux car c'est le travail de l'armée mais pour surveiller Tony Stark qui lui aussi s'y rend. Fury dit que Tony s'inspire de l'alliage du bouclier de Captain America pour son armure Mark 3 mais que cela n'est qu'un prototype. Fury observe Tony sauver un pilote  d'avion de chasse et se demande s'il n'a pas mal jugé Tony et commence à se poser des questions sur Obadiah. Comme prévu, Pepper Potts rencontre l'agent Coulson et lui demande de la suivre car elle à découvert que Obadiah Stane le collaborateur de Tony à créé comme Tony une armure appelée l'Iron-Monger. Avec d'autres agents, Philippe Coulson tente d'arrêter Obadiah dans son armure mais n'y arrive pas.  Il se fait attaquer et fini au sol. Tony, enfile son armure Mark 3 et réussis grâce à l'aide de Pepper à battre Iron-Monger. Après ça l'agent Coulson monte avec Pepper sur le toit pour voir dans quel état est Tony.  Le lendemain le S.H.I.E.L.D à préparé un scénario avec des alibis que Tony devra présenter aux journalistes pour éviter que les gens ne sachent que Tony Stark est Iron-Man.  Tony Stark ne respecte absolument pas ce scénario et annonce qu'il est Iron-Man.

 Fury annonce à Coulson qu'il se doutait que Tony allait avouer qu'il était Iron-Man et c'est très bien comme ça, il sait qu'il pourra compter sur lui et que c'est un homme qui respecte pas le manuel bêtement. Fury dit à Coulson qu'il à bien travaillé et lui donne sa semaine. Le soir même, alors que Tony rentre chez lui, il reçoit la visite de Nick Fury  qui vient lui parler de sa révélation auprès des journalistes ainsi que du projet initiative.

Après tout ça le SHIELD continue à espionner Tony Stark.  L'agent Coulson pense que Tony a enfin compris son rôle mais Fury trouve qu'il n'est pas devenu plus mature, le gouvernement là juste poussé à bout. 

Nick Fury envoie l'équipe S.E.A.L afin de traquer les 10 anneaux sur un bateau au Yémen avec l'agent Garrett. Fury attend l'apparition d'Iron Man. Tony apparait en armure mais lui et les agents du S.H.I.E.L.D  se font attaquer par les 10 anneaux mais Tony réussis à sauver les agents du S.H.I.E.L.D. Tony en profite pour enregistrer la discussion entre Garrett et Fury, puis Tony s'éclipse à la vitesse de la lumière.

Après la mission, Fury demande à l'agent Coulson de s'occuper d'une nouvelle recrue du S.H.I.E.L.D et de la superviser. L'agent Coulson met en scène une ruse pour tester Mr. Hendricks, la nouvelle recrue, il lui fait croire que les 10 anneaux sont aux États-Unis et qu'ils doivent les arrêter.  Hendricks s'en sort bien et est recruté par le S.H.I.E.L.D. 

En 2010 Fury envoie Natasha Romanoff qui est entrain de s'occuper d'un membre des 10 anneaux, en mission afin qu'elle intègre Stark Industries pour rentrer plus facilement en contact avec Tony Stark et de pouvoir le surveiller de plus près. 

Peu de temps après le gouvernement américain utilise l'un des satellites du S.H.I.E.L.D afin de retrouver Bruce Banner.